而当时，陈寅恪的学术价值已开始为文化界所意识，复旦大学骆玉明教授所谓的“最不应该成为公众人物”的陈寅恪，已悄然成了众人争抢的一个“文化政绩工程”。2000年，杭州政协就有提案，希望将陈寅恪之墓安葬杭州；庐山的白鹿洞书院也就安葬一事与陈寅恪的女儿交涉；而广州的中山大学，也有过将陈寅恪先生的墓葬移回广州安置的想法。
而在陈流求和陈美延看来，杭州政协的想法只限于提案，付诸实施还需要不少时间；而白鹿洞书院则在具体迁葬的问题上，与陈氏姐妹无法达成一致；至于广州的中山大学，念及父亲浩劫期间在此所受的种种不公，她们未予考虑。最后，还是选择了庐山植物园。
2003年6月16日，陈寅恪113岁冥诞。陈氏姐妹在家人陪同下，出席了在庐山植物园举行的墓碑揭幕仪式，碑文选择陈寅恪先生屡被后人称引的名句：“独立之精神，自由之思想”，由黄永玉题写。陈寅恪夫妻的骨灰，经过34年周折，终于找到了一方憩息之地。
历经风雨，故居终回旧貌
在陈寅恪的骨灰历经安葬的波折时，他位于中山大学东南区一号的故居—这栋二层的红砖楼，也在数十年间经历了许多风雨。
1969年，陈寅恪一家被迫搬出居住16年之久的东南区一号。故居对面的大钟楼是中山大学工宣队的办公场所，工宣队早就看中了就近的东南区一号。房子空出来以后，工宣队将此楼作为指挥部使用。
1977年，中共中央发布《关于工宣队问题的请示报告》，批准“文革”期间进驻各大专院校、接管学校领导权的工宣队撤离学校。中山大学也不例外，于是，东南区一号重新成为教师的寓所。据中山大学的曾宪通教授回忆，哲学家杨荣国教授成为第一位入住东南区一号的学者。1978年杨荣国去世，容庚教授住进东南区一号二楼。尔后，王季思、商承祚等知名教授也曾在此居住过。90年代，此楼还一度用于学校的行政办公。
但由于这栋楼多年一直都在使用，校方并没有找到合适的机会进行彻底修缮，也没有对外开放。由于年久失修，外观已显得陈旧，墙体有斑驳脱落的迹象。
2007年，中山大学开始着手陈寅恪故居的修缮工作。是年9月，历史系主任刘志伟起草《中山大学建立“陈寅恪故居陈列馆”项目计划》，确定在旧居基础上建设“陈寅恪故居陈列馆”。校方本着修旧如旧的原则，力求将其恢复至建筑之初的样貌。10月7日，刘銮雄慈善基金向中山大学教育发展基金会捐资港币200万元，用于陈寅恪故居的修缮和陈列馆的建立费用。
因为要力求恢复故居原貌，校方在修缮过程中参照了照片以及文本资料，派人四处寻购类似于陈寅恪故居中当年所陈设的家具。陈寅恪故居中原本多用红木、藤制家具，为此，校方特地派出相关人士前往中山市大涌镇、广州市芳村等多地采购与陈寅恪故居匹配的家具。
在多方寻购家具的同时，陈寅恪生前用过的旧物也有部分被重新发现。生物系韩德聪教授在陈寅恪“文革”期间迁居西南区时，曾请陈美延确认陈寅恪故居的旧物。陈美延看后，确认一张柚木办公桌为陈寅恪用过的旧物；另有一个五抽柜，柜顶上还有一块玻璃镜，是唐家的私人旧物。这两件家具由校档案馆和校房管部门收回，及至陈寅恪故居修缮，才重新被人发现。
在多方的共同努力下，2009年10月7日，陈寅恪教授逝世40周年纪念日，陈列馆完成修缮，大厅内陈列着陈寅恪手拄拐杖傲视前方的半身塑像。香港中文大学教授饶宗颐题写了“陈寅恪故居”的门匾。而在楼外左侧墙上，依旧是那块见证风雨的门牌：“东南区一号”。
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