马寅初虽然被迫辞去了北京大学校长之职，但他并没有放弃坚持真理、维护学术尊严的信心和决心。他始终认为自己的“新人口论”是正确的。
赋闲在家奋笔《农书》
马寅初离任后，出入马宅的客人，陡然之间锐减，一时间变得“门前冷落鞍马稀”，直至门可罗雀几无人。在那极端困难的年代，马寅初于1962~1965年闭门在家专心编撰《农书》，他要继续为国家经济建设筹谋划策、贡献力量。
所谓《农书》，是一部研究农业经济学的著作，是一部总结我国历代农民宝贵生产经验的著作。这是马寅初远大研究规划的第二步。第一步是人口问题。
马寅初认为，发展中国经济最关键的是两个问题，首先是人口问题，其次是农业问题。他曾经多次说过这样的话:“除了人口问题外，农业问题应及时研究，要早为之图，要花大力气，下苦工夫！”之后不久，马寅初就着手搜集农业方面的材料，准备组织一个班子，编写一部《农书》。
1960年赋闲在家以后，马寅初便把编写《农书》的计划草稿翻找出来，决定以自己一人余生之精力，把这部《农书》编写出来，并定下了奋斗的目标，其分量不亚于历史上的《齐民要术》和《农政全书》。为此，他已经积累了不少资料，断断续续从事着写作，而且写成了不少章节。现在，集中精力写作的机会终于来临了。他首先将过去已经搜集到的湖南、湖北、吉林、海南等地有关农业经济的材料整理出来，认真翻看、仔细琢磨，他还从北京大学、北京图书馆等处借来国内外有关中国农业发展的新资料，以便随时补充。1962年，他又借到浙江农村视察的机会，对农业问题进行专门的调查研究，带回很多第一手材料。
巨幅“长卷”上百万字
据知情者介绍，马寅初写这部《农书》还真有些别样。他写文章与一般人不同，不是用钢笔写在稿纸上，而是用墨笔写在一张张白色的宣纸上，然后将一张张写好的稿子铺在地板上，俯身用糨糊将它们粘贴起来；一篇文章或是一节粘贴成一个长幅，然后再小心地卷成一个纸卷，外边用白纸封好，存放到案边的柜子里。之后，经过反复修改、审订、誊清，才拿出去发表。马寅初的这部《农书》，其写法依然如此，只是规模之大、篇幅之巨，实属空前之举——完全是巨幅“长卷”的形式。
前来看望马寅初的亲朋好友婉言相劝:“马老，你还写那些招灾惹祸的东西干什么？这么大年纪了，好好养养精神吧！”马寅初回答说:“正因为我年岁大了，我才更应该把我彻悟了的真理，及时地记录下来，警告世人，不然就会烂在肚子内、带到棺材里去，那才是真正可惜呀！”
年复一年，月复一月，日复一日，多少个日日夜夜就这样悄然而过。马寅初的《农书》“长卷”已经成捆成堆了，大大小小的纸卷堆满了书柜。据说，这部《农书》初稿有百万字之巨(一说150万)。到1965年底，马寅初已经对《农书》从头到尾作了一次修改。素以治学严谨闻名的马寅初，在修改稿子的时候，仍然一丝不苟；修改文字一般用蓝笔，特别重要的改动则用红笔。
担心抄家 付之一炬
一部鸿篇巨制，眼看着就要诞生了。
遗憾，巨大的遗憾，无可挽回的遗憾，毕竟还是发生了……
“文化大革命”期间，由于受到特殊的保护，马宅免于抄家之祸。但是，大“革”文化之“命”的憾事，却在家庭内部发生了。马寅初家中几个年幼无知的孩子，因担心抄家者会从马寅初的手稿中搜寻出批斗马寅初的把柄，于是乎在半是胆怯、半是盲从的情绪支配下，将马寅初珍藏多年的来往书信、文物字画，连同这部《农书》手稿以及其他经济学资料，统统当作“四旧”而付之一炬，销毁得一干二净。
也有人认为是家人根据马寅初的意见破“四旧”的。
走笔至此，除了扼腕叹息之外，还能说什么呢？
（《马寅初全传》 彭华著 当代中国出版社出版）
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