说陈寅恪不是系统的思想家，并不等于说他在思想史上没有地位，更不是说他不关心政治。尽管在时下一些有关学术、思想与政治的言说中，思想家总比学者与政治的距离更近一些。但是，真正的历史学家无疑是关心现实政治的，古今中外莫不如此。像陈寅恪这样的学者，是在很深层的意义上关心政治，暗存“史学救国”之心。他的关心政治，不是给政治做注脚，而是坚守着学术主体性的。作为传统士大夫情结的体现，陈寅恪的史学必须要有救国的学术取向，作为一个处于近代学术转型过程中的领军人物式的学者，陈寅恪又要坚守学术戒律。这是决定陈寅恪学术风格的基本因素，也被认为是其学术论述中“牵缠反复”风格的形成背景。
陈寅恪对学术的现实价值有深刻的认识，他认为“天下之致赜者莫过于人事，疑若不可以前知。然人事有初中后三际（借用摩尼教语）、犹物状有线面体诸形。其演嬗先后之间，即不为确定之因果，亦必生相互之关系。故以观空者而观时，天下人事之变，遂无一不为当然而非偶然。既为当然，则因有可以前知之理也”。所以对于那些“为一代儒林宗硕，湛思而通识之人”来说，未来人事是可以预知的。 既然最为深奥玄妙的人事都可以预知，学术可以预知现实政治就是理所当然的了。陈寅恪表面上是在说俞曲园，实际是一段集中表达自己学术价值观的夫子自道。
学术独立于政治之后，如何去关心政治，甚至约束政治，这是陈寅恪时代的学者共同面临的课题。陈寅恪在思想史上的地位，应当由此展开。史学研究和现实关怀原本是无法截然分开的，但陈寅恪对现实政治的关心，与捞取个人政治资本、沦为政治附庸的研究取向有着根本的不同。在他看来，学术必须是独立的，但学术又是对现实政治有指导意义的，关键就在于学者必须有“独立之精神，自由之思想”。学术必须坚守其主体性，而不是成为政治的婢女。陈寅恪的许多学术论著都深藏着对现实政治的关注和提示，但因为坚守着学术的主体地位，故并不影响其学术价值。可以说，陈寅恪学术中的政治意识，是超越于现实政治之上的学术自身具有的价值。陈寅恪学术中深奥的政治关怀，是“为帝王师”的士大夫情结在特殊历史环境下的产物，也是近代中国学术转型艰难历程的一个集中体现。
实际上，即使是研究陈寅恪的思想，也不能脱离其学术。陈寅恪最重要也是最深层的思想，其实还是存在于其学术理念之中的。仅仅抓住其在一些诗文中的随着时代变迁而发的议论和言说，还不足以揭示其思想发展的内在理路。诚如注重研究陈寅恪思想的李慎之先生所说，“陈寅恪是一个严守家法的学者。这不仅是中国的学术传统，更是西方的学术传统，即所谓Everyone is supposed to specialize in his own line。因此他很少在他自己所治的史学之外发议论”。但是，李慎之先生因此而看重的是陈寅恪的好友吴宓在日记中所记录的他的一些极为精采的思想，而没有深入到陈寅恪的学术本身。可以说，这是近来研究陈寅恪很有代表性的一个看法。
新版《陈寅恪集》的编辑者和出版者，也在有意突出陈寅恪作为一个思想家的形象。至少从全书的装帧来说，“独立之精神，自由之思想”十字似乎成为陈寅恪的代名词，赫然书于封面，似在有意标示着他作为一个自由主义知识分子的特立独行。文集出版的前后，论陈寅恪者多持陈寅恪为自由主义知识分子之论。至李慎之作〈独立之精神、自由之思想——论作为思想家的陈寅恪〉，更将此点演绎到一个时代精神与文化良知的高度。编者对此类月旦评也做了积极响应，〈《陈寅恪集》后记〉着重强调其为学一贯坚持“独立之精神，自由之思想”，“未尝侮食自矜，曲学阿世”，表示“学界倘能于研究父亲著述时，更知父亲此种精神之所在，则为我们姐妹辛劳的最高报偿”。责任编辑孙晓林也明确指出：“独立之精神，自由之思想”是其全部著述文字的灵魂，也是他终生倡导并实践了的学术立场。并认为这就是出版《陈寅恪集》的意义和价值。[37]其后，钱文忠在评论《书信集》时，也以〈独立之精神，自由之思想——书信里的陈寅恪〉为题。
用“独立之精神，自由之思想”十字来概括和解读陈寅恪，与九十年代以来中国的思想潮流大有关系。在所谓“新左派”与“自由主义”的论争中，自由主义作为知识界的主要思想流派，对中国传统尤其是近代的思想资源加以改造吸收，而陈寅恪“十字真言”正为此中佳选。所以，陈寅恪作为自由主义思想家的形象一步一步被强化，他所说过的“独立之精神，自由之思想”也理所当然地成为自由主义的一面旗帜。这样的概括确实很有深度，但将原本作为一个学术原则的表述上升为一种思想表达，则有将陈寅恪丰富的实证性的学术抽象地虚化为简单的思想概念的嫌疑。谈论援引陈寅恪成为学术界的时髦，就与这种定位有关。
与突出陈寅恪思想家色彩的取向相关，其晚年对于大陆中共政权的态度问题，也受到大家的普遍关注。这是中国现代政治史范畴的问题。其实，这个问题并不是大家想象的那么复杂。陈寅恪与中共政权的某些做法有着严重的抵触，自是事实。其〈赠蒋秉南序〉中隐藏的层层古典与今典，某种程度上体现了陈寅恪的士大夫情怀，也是其与中共政权抵触心态的写照。文末“蒋子秉南远来”一句，可以说是这篇文字的写作缘起。陈寅恪晚年颇有一种以韩愈自况的倾向，而韩愈那种宁可牺牲也要卫道的气节颇为陈所吸取。《陈寅恪的最后二十年》中提到的“要郭沫若重写王国维纪念碑”事件中，陈寅恪以韩愈自比了一次，而这篇〈赠蒋秉南序〉则再次套用了韩愈生平的一个典故，即韩愈因〈谏迎佛骨表〉而被贬潮州，其侄孙韩湘探望，韩愈为之赋诗，其中有“知汝远来应有意，好收吾骨瘴江边”。韩愈当时的心情是悲愤加上正气凛然，陈寅恪当时亦应如此。
陈寅恪晚年对政治的抵触，是一个有着强烈文化使命感和自觉意识的学者，与社会潮流之间发生的冲突，大可不必用爱国主义的名义来掩盖这种抵触。至于后来陈寅恪受到冲击和迫害，那是中国的一场民族灾难，陈寅恪之受到迫害也就难以避免了。
陈寅恪与《陈寅恪集》的学术影响
陈寅恪的学术论著本身并不如有关论述陈寅恪的著述好读。正如胡适所说，“寅恪治史学，当然是今日最渊博、最有识见、最能用材料的人。但他的文章实在写的不高明”。钱穆也认为陈寅恪的行文“冗沓而多枝节，每一篇若能删去十之三四始可为诵”。新版《陈寅恪集》不可能象《陈寅恪的最后二十年》那样热销和引起关注，已成事实。
如果还是把陈寅恪及其著述放在学术领域内来讨论，新版《陈寅恪集》进一步提出了这样一些问题：陈寅恪开辟了哪些学术论域，提出了哪些具有解释力的概念，这些概念（如关陇集团、山东豪杰、唐朝江南化等）为后来的中国史学界带来了什么样的影响？陈寅恪在具体学术研究中走过了一条什么样的路径，在近代学术转型过程中奠定了什么样的位置？
从学术影响来说，一九四九年以后中国大陆研究中国古代史最有成就的一批学者和最有学术生命力的一些问题，不少都与陈寅恪有着直接或间接的关系。如关陇集团的问题，大概是史学界争论时间持续最长卷入知名学者最多的问题之一。唐长孺教授在《魏晋南北朝隋唐史三论》中进一步提出的“唐朝南朝化”和田余庆教授的《东晋门阀政治》等，都是陈寅恪之后中古史研究的扛鼎之作，其属于陈寅恪学术论域内问题的延伸是显而易见的。有学者将陈寅恪比为日本的内藤湖南，可谓贴切。至于一些具体问题，因为陈寅恪根本不是考证派或史料学派，而具有明显的以论代史的倾向，所以大可不必搞两个凡是，更不必通过思想史上的陈寅恪画像来将其学术研究神秘化。
关于新版《陈寅恪集》的编校质量问题，已有学者指出，而编辑部也有所响应。 笔者认为一些技术性的问题，实在是难免一点都不出错。在这里只想指出，编校过程中还存在着少数内伤，就是因误解陈寅恪的学术思路而导致的错校。这是讨论陈寅恪学术影响不该回避的问题。
在具体学术问题上，陈寅恪也会出错。而且有些错误不是一般的读者容易看出来的，必须是在专门领域有深入研究的人，才能体会出错在何处及其出错的原由。否则，简单的史料校对功夫，只能是对陈寅恪思路的误读。如关于隋唐制度渊源的论述，是陈寅恪历史解释体系中的重要组成部分。陈寅恪的解释思路无疑贯穿着一套思想，就是所谓文化本位思想，也就是“必须一方面吸收输入外来之学说，一方面不忘本来民族之地位”的思想。这种思想是贯穿在他的学术中的，如〈述东晋王导之功业〉、〈论唐高祖称臣于突厥事〉以及《隋唐制度渊源略论稿》等。从这样的思想出发，陈寅恪认为南北朝分裂时期南方代表了中国制度和文化的主流，而西魏北周的制度除了关陇区内保存的旧时汉族文化之外，就是阴为六镇鲜卑之野俗。对于后来煌煌大观的隋唐制度来说，魏周制度的影响实较微末。这个结论的一个重要论据，是《隋书．百官志》下所载“高祖既受顾命，改周之六官，其制多依前代之法”，并说这是“隋官制承北齐不承北周之一例证也”。这是陈寅恪引用史料的一处失误，但却是符合陈寅恪的历史解释思路的。新版《陈寅恪集》依据《隋书》原文，将其改为“高祖既受顾命，改周之六官，其所制名多依前代之法”（页94）。看似一个简单的史料订误，实际上却违背了陈寅恪的思路。“其所制名”和“其制”，一个是官名的恢复汉魏之制，一个是整个制度的回归汉魏，意义层次相当不同。此类错误，不如一仍其旧，而以校勘记加以说明则可。至于隋朝制度的渊源问题，已有学者按照陈寅恪的思路作出了重新考析，提出在体制上，隋官制承北齐而不承北周之说是不能成立的。隋官制实吸收南北各朝的积极成果而加以总结，并非多依北齐之制。
陈寅恪的学术成就及其提出的许多学术命题，在近代学术发展史上具有无可替代的意义。可以预见，陈寅恪在魏晋南北朝隋唐史、蒙古史、西域民族史、宗教史、古典文学、敦煌学等诸多领域的研究所达到的境界，及其具有的开拓和奠基意义，以及对于今后中国学术走向的影响等问题，都将因新版《陈寅恪集》的面世而更加受到关注。实际上，在陈寅恪涉及到的研究领域内，尽管一些突破陈寅恪思路的新学术命题已经出现，一些问题的研究已经在陈寅恪研究的基础上有了进展，但是，新版《陈寅恪集》仍然能够为那些领域的研究提供便捷的参照。因为有一些问题，在目前的学术积累中，还是无法跨越陈寅恪的，更不要说忽略他了。
至于陈寅恪究竟在哪个领域内的成就最有代表性，是清华研究院时代以“殊族之文，塞外之史”为研究重心的早年学术，还是以“三稿”（《隋唐制度渊源略论稿》、《唐代政治史述论稿》、《元白诗笺证稿》）为代表的中年学术，或者是以《论再生缘》和《柳如是别传》为代表的晚年学术，学者们往往根据自己的研究旨趣作出不同的判断。无论陈寅恪的学术视野多么宽广，学术境界多么高远，贯穿其学术研究的始终并促成其学术转变的，从内在因素来说，仍然是其思想深处的士大夫情结。其学术取向和学术成就的特点，正是这种士大夫情结在中国近代学术转型过程中的结果。
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