从《古典时代的疯狂史》到《知识考古学》可以看作福柯思想的第一阶段。福柯在1971年发表的《尼采、谱系学、历史》可以看作福柯第二阶段思想的开始，也可看作福柯第二阶段思想的一个方法论总纲。福柯在1976年发表《性经验史》第一卷“认知的意志”后有一较长时间的危机时期，可以看作福柯第三个时期的开始，福柯此时转向古希腊罗马和早期基督教研究，福柯思考的问题是“关怀自身”和“认识你自己”的主体之思的关系。
福柯的思想的发展很大程度上可以看作与德国思想家对话的一个结果，法国思想家二十世纪在德国思想家巨大的压力之下，福柯面对的压力主要也是来自德国思想家，福柯能够在思维力量上与德国思想家相比，主要得益于尼采。福柯第一个阶段面对的主要对象是现象学，福柯这时借助尼采的主要是尼采的实证主义的透视主义的认识论。这时福柯偏重知识形式的分析，知识的同一性和差异性，福柯将这个阶段的思考总结为知识考古学。福柯思想的最大特点是将历史空间化、视觉化，福柯将历史展开在空间中让人看到，德勒兹根据福柯的思想方法的特点，将福柯形象说为档案记录员和地图绘制员，福柯这样的方法应该说只是福柯的思想特点的一个方面，现象学和结构主义也有类似的特点，如果福柯仅仅有这样的创造性还算不上真正的本事，福柯的独创性是将历史引进了结构思考，福柯对历史的直观力一点不比德国思想家差。福柯在精神类型的直观力上有非凡之处，福柯又能将这些直观的结果在空间上展现出来，这样才显示出福柯的整体的思维特点。以此，福柯对历史的思考改变了人们对历史的通常认识，也改变了法国人对马克思和弗洛伊德思想的历史意义的认识。福柯在第一阶段关注认识型的考古学分析，福柯对知识考古学的方法论思考比较完整，福柯这时对历史的直观的能力还没有达到完全成熟，在《词与物》中，福柯还没有完全洞穿弗洛伊德思想的本质，福柯到第二阶段才完全走出弗洛伊德。
福柯在1971年发表的《尼采、谱系学、历史》可以作为福柯第二阶段思想的一个方法论总纲，福柯面对的对象主要是马克思和弗洛伊德。福柯此时借助尼采的是尼采的《道德的谱系》，尼采对暴力与人类文明的关系的思考直接影响了福柯对监狱的思考，也影响了福柯对性与身体的权力关系的思考，福柯借助尼采的谱系学看到了弗洛伊德思维的边界。在第二阶段福柯才具有了彻底直观历史本质的精神力度，福柯再将这些直观精确地外展在空间中。
福柯在《尼采、谱系学、历史》中开始了权力类型的谱系学分析，知识、权力和肉身，成为福柯思考的中心范畴，福柯在《知识考古学》中关注的是知识构型，还没有形成权力和肉身这样的完整范畴，在《尼采、谱系学、历史》中，可以看到福柯找到了自己的思维意志力的突破口：权力、知识和肉身的关系是直观历史的本质的关键范畴。福柯在写完《知识考古学》后进入权力、知识肉身的关系分析，知识考古学这样的一种知识还是贯穿在福柯后来的思考中，福柯只是在直观的构架中加强了权力的思考，权力就是力，福柯对权力的特点在《性经验史》第一卷“认知的意志”有扼要分析：权力在福柯这里是多种多样力的关系，它们内在于他们运作的领域之中，构成了它们的组织，权力是力量的功能系统。
福柯的思考开始显示这样一些特点，知识就是权力，权力决定了事件的空间分布，权力规范了肉身的形态。知识这样的一个概念，福柯在《人文科学的考古学》和《知识考古学》中有系统思考，知识是一种话语，基本单位是陈述。权力就是对知识一种力量形态的动态考察，肉身是权力的作用对象。福柯这里也遇到亚里士多德的质料和纯形式的一种关系的思考，肉身处于纯形式和质料的关系的关键点上，质料是不可能得到完全思考的，质料如康德的物自体，因为质料是观念的抽象，质料只能被思考为人的本能的基底，位于死亡的深处，死亡本能是对人生于尘土回归尘土的一种反思的结果，当然也可将意识结构的一些功能放在质料的范畴中，弗洛伊德就是这样做的。福柯思考，弗洛伊德将一些形式的元素放在本能的神秘之处，这些元素其实可以不放在质料的范畴中得到思考。福柯在《性经验史》第一卷“认知的意志”中分析现代的性观念的形成过程，是对弗洛伊德的性观念的谱系分析，就是将弗洛伊德放在质料中的形式因素还原出来。
在第三个阶段，福柯转向“关怀自身”这样一个问题，这个时期应该是福柯思想比较游移的时期，福柯没有了自己明确的思考对象，这一时期是福柯思想的一个低落时期，如果福柯不是病故，福柯会有新的思考。福柯的第三阶段，福柯的思维的创造力受到了影响，福柯对古希腊罗马的知识构型的分析方面显示了强有力的直观能力，但也感到福柯对希腊罗马精神一定程度的隔膜，这不是最能激发福柯的思想激情的领域。福柯的这些研究很大程度上应该是为了完成法兰西学院的讲座，这些研究也是福柯思想困境的一种表现。
福柯在《主体解释学》中将目光投向了古希腊罗马和犹太－基督教两种精神的中间时期，希腊化罗马时期，柏拉图的希腊是以理念为中心，犹太－基督教以上帝为中心，都有一个彼岸，希腊化时期，福柯分析这个时期的思想家不思考彼岸，他们体现了一种人间世的文化精神，人们追求现实的快感的享用，一种身体的养生学。福柯这样的一种人生态度与前面对比有很大的变化，仔细感受福柯，觉得福柯的这样的转向也有很大的合理性，福柯是一位法国启蒙精神培育出来的人物，对基督教没有多少接受，对希腊罗马，福柯以前也没有完整接受，从福柯的希腊罗马的分析中的确可以看到福柯的兴趣不在这里。
福柯这时已经不受黑格尔、马克思、弗洛伊德、胡塞尔的思维的左右，也批判萨德的性的观念，福柯这时能走向什么地方？对应《主体解释学》可以看到，福柯对肉身的思考，肉身的空间有一个外展的谱系，什么样的精神就会表现出什么样的肉身，区别肉身的精神谱系才是理解福柯肉身的观念的关键，尼采的肉身就完全不同于弗洛伊德的肉身。蒙田对福柯的影响很深，蒙田对尼采影响也颇深，蒙田的精神与希腊化时期的罗马精神最为接近。福柯与弗洛伊德的分歧也就是一种精神谱系的分歧，弗洛伊德对身体的观念是非希腊罗马的，这是他们谱系学的分野。
福柯认同尼采一方面是由于气质上的相近，也有尼采自身的原因，尼采的思考由于是面对欧洲的所有精神谱系发出的，尼采在一定意义上已经不是站在19世纪思考欧洲的精神，福柯有这样的断言，尼采虽然是19世纪的人，但他的思考超越了那个时代。尼采从来没有诉求于某种一元精神，福柯得益于尼采的就是尼采的不断超越边界的革命精神，尼采对思想的极限的永不餍足的冒险，这一点是其他思想家身上看不到的，而正是这一点折服了福柯，福柯的思想特点也是表现在于极限边界处冒险，他们的精神在这一点上是相类的，尽管他们关注问题的区域不完全相同。将尼采归类到什么样的派别，什么样时代将成为一个非常难的问题，现在，当一个世纪过去后，可以发现尼采的精神还是如此鲜活有力，尼采的一些预言正在发生，福柯早已感受到了这一点。如果将弗洛伊德作为资本主义的思想的一个阶段来看，弗洛伊德的理论正好解释了维多利亚时代这段欧洲历史的一些突出现象，当这个时代成为历史的时候，弗洛伊德的理论的说服力就会减弱。借助尼采，福柯将历史的透镜拉远一些就可以看到弗洛伊德的精神结构，弗洛伊德是如何建基于那个时代，弗洛伊德以那个时代的一些精神解释整个历史的原因，弗洛伊德的解释就要冒片面的危险。
福柯在接受尼采时没有尼采那样对重建基督教的潜在动机，尼采思考欧洲的道德的谱系，欧洲精神的三个大的分期：古希腊－罗马是第一个时期，苏格拉底处于第一个时期的价值转换的中心，苏格拉底为犹太－基督教的来临准备了土壤；犹太－基督教是欧洲精神的第二个时期，中世纪－文艺复兴－法国启蒙运动－法国大革命对应于这个时期，卢梭完成了第二个时期犹太－基督教的世俗化；查拉图斯特拉是超越犹太－基督教与古希腊－罗马的第三个时期的先知，这个时期的前奏就是福柯在《词与物》中形象说的，人之死的时期，查拉图斯特拉是预言“人之死”的先知和超人的先知，超人预示着人之死。尼采的这样一个历史分期，这也是福柯历史思考的一个潜在的框架。没有尼采的道德的谱系分析，很难看清西方的永恒回归是什么意思。尼采在犹太－基督教的犹太性这一惟进行了严格的思考，尼采的永恒回归中留下了犹太性的思考。福柯的思考是从法国自身的精神气质出发的，福柯接受尼采的永恒回归思想中的柏拉图－基督教－资本主义这样一个谱系的思考，福柯没有从精神的角度对犹太性进行系统思考，福柯分析法国的精神气质主要是罗马精神的一种发展，高卢－日尔曼－罗马。福柯不是典型的巴黎的精神气质，萨特才是典型的巴黎精神，福柯只是以思想的穿透力征服了巴黎的知识界。
福柯思考中缺少尼采的查拉图斯特拉的后基督教的基督教思考这样一环，福柯的思考与尼采的最大区别就是对超人的理解，尼采的超人是相对于基督耶酥的神－人，福柯没有这样的思考。福柯在1976年后对权力的思考中断后，应该说没有完全找到自己的精神超越点，福柯在1976年发表《性经验史》第一卷后，对权力的思考就遇到了危机，原因是福柯思考的使命告一段落，福柯在这里已经完成了对弗洛伊德的批判，福柯的思考很大一部分是对历史重新思考，一种前驱性的先知性的引领未来的动机在福柯身上不强烈，福柯转向希腊罗马的关怀自身这样的选择是与福柯的整体思考特点有关。福柯在美学上并没有形成一种稳定的类型，福柯身上没有一种代替宗教的审美精神出现，福柯对死亡的一种极限的体验是极其虚无的体验，福柯对艺术的类型的关注超过了对艺术情感类型的体验，福柯不是典型的艺术家型的哲学家，福柯的绘画的广泛修养实际上没有在他的精神中形成稳定的审美状态。福柯更多是对艺术形式的形式的洞穿力，对艺术形式的织体的审美的体悟感受认同不是福柯关注的重点，这一点福柯其实与康德离得并不远，尽管福柯在艺术形式的类型的敏感上超过康德。
福柯在第三阶段的希腊罗马的思考主要是对希腊罗马的精神的知识类型分析，对希腊罗马的知识的精神品质的感应，福柯并没有太多的激情。基督教在转化价值方面，没有成为福柯的一个重要问题，福柯比尼采更是无神论的，尼采从来不是一个完全的无神论者。福柯对超人的思考在这里没有很明确的显现。福柯在1984年的《何为启蒙？》中对启蒙的思考，波德莱尔成为福柯的审美人生、关怀自身的一个范例。尼采对波德莱尔曾经激烈批判，波德莱尔的审美被尼采认为是颓废的一种表现，福柯有时也将尼采看作颓废派，但这只是尼采的一个方面。尼采批判波德莱尔与瓦格纳有关系，法国象征派对瓦格纳的认同很大程度来自瓦格纳的无限曲调的精神魔力，尼采自己身上也有这些元素，尼采极力希望超越这些颓废。福柯接受波德莱尔的视角与尼采感受的波德莱尔还是非常不同，福柯主要是从审美的自由角度看波德莱尔，福柯这样感受波德莱尔，波德莱尔的审美是一种自由的审美，波德莱尔对肉身的态度是一种关怀自身的审美态度，波德莱尔已经超越了萨德的对肉身的刑讯式审美方式。
福柯身上没有尼采的古希腊罗马这样的完整的审美之源，福柯也没有尼采的耶稣基督这样的一个价值转换的动力之源的中心人格，福柯在审美资源上没有尼采来得完整。福柯的肉身的关注的神性纬度与尼采就有很大区别，尼采基本上还是在神性的纬度观照肉身。福柯对死亡的一种极限体验弥补了福柯对神性感应的不足，神性也许是双面的，一方面安慰人，一方面也许是一种欺骗。福柯的死亡的体悟非常具有穿透力，由于缺少尼采神性的纬度，福柯的死亡的体悟比尼采来得更加冷酷。福柯和尼采对现代的女性化的人道观念的一种无视，将历史的超善恶的思考推到极限，这是他们的一个共同特点，但福柯和尼采对纳粹的极端批判也可看到福柯和尼采的一种人性的价值判断，福柯和尼采是在深刻体悟人的本性的基础上对“好”“高贵”的德性的一种坚持，这远远高于现代的一般的女性化的人道主义。
福柯的权力和肉身观念的大背景由尼采设立，思想成熟时期的福柯会远离弗洛伊德，弗洛伊德的梦的解析这样的结构，性的libido的原欲，弗洛伊德这里至少有这样的一些纬度，弗洛伊德对维也纳市民的性的态度的一种反思，这样的性观念是典型的资产阶级家庭的一种性观念，俄狄甫斯情结来自资产阶级家庭对乱伦的一种禁忌，福柯分析的资本主义的权力关系对性观念的渗透，弗洛伊德将其本体论化，其实俄狄甫斯情结是资产阶级权力斗争的结果，是资产阶级的市民的一种气质表现，是权力关系的一种表现，是历史运动的结果和历史继续运动的原因之一，俄狄甫斯情结不是历史的总体原因，更不是历史运动的惟一原因。拉康将弗洛伊德的父亲的位置空出来让位给逻各斯中心主义，这个逻各斯中心主义也是弗洛伊德的理论的一个对应模式，拉康从欲望的主体角度去思考人的精神结构，实际上这个主体受制于复杂的权力网络的支配，拉康的欲望主体还是一个封闭的主体，拉康从欲望主体的内部分析欲望，欲望主体所处的权力网络的位置，以及形成这个网络的权力构架，拉康没有展开思考。
弗洛伊德对性的态度是一种闪族的专制主义的教士态度，弗洛伊德的父权的专制性格产生了对性的专制性理解，弗洛伊德这样的维多利亚时代的人，对性是一种献祭的态度，性在维多利亚时代成为一个禁闭的话题，性的生命本来是来自有生命的神，在希腊主管性的神就有多位。弗洛伊德的性是祭品，弗洛伊德在展示性时已经将性杀死，这里就存在很大的尴尬，性是大众行为，以弗洛伊德的眼光，性是一种猥亵的行为，人们可以对死去了的性进行任意蹂躏，实际上是对自身的一种施虐和受虐，一种极大的感官的败坏，弗洛伊德这样的献祭后的性就是一种这样的的行为，这样是对人的尊严的极大的冒犯，弗洛伊德这样的态度至少不是严肃的，福柯的SM行为是在一种尊严的前提下的行为，与弗洛伊德有基本的区别，福柯在古希腊的男童之爱中有这方面的集中思考。弗洛伊德这样的解释不是什么色情的解释，色情与弗洛伊德可以无关，弗洛伊德的性观念只是色情观念的一种变种，而不是色情观念的总体形态。弗洛伊德这里没有希腊－罗马的肉身观念，不会有希腊－罗马的性的理解。弗洛伊德的性有超现实主义的外观，弗洛伊德对性的这样一种态度是典型犹太教士的专制精神的表现。从性的美和尊严来说，弗洛伊德不十分理解性，弗洛伊德满足了资本主义市民的性的幻想，但他们往往也误解了弗洛伊德。弗洛伊德这里尽管提出一种无意识－升华的人格的结构，总体形态就是俄狄甫斯情结，但还是一种一元论的结构，弗洛伊德尽管说无意识如汪洋大海，理性只是汪洋大海上的一支小船，但弗洛伊德真正来考察这篇汪洋大海时，弗洛伊德填充进出的是自己的一个理性结构，弗洛伊德将人的记忆这样一种功能神秘化、本体化、无意识化，再在人的记忆中放进一个本体论结构。弗洛伊德的俄狄甫斯情结与尼采在《悲剧的诞生》中的俄狄甫斯的命运的思考对比来分析，就可看到一种根本的区别，弗洛伊德的性没有名字和尊严，只是弗洛伊德表现一种死亡符号的代用品，弗洛伊德洞观到了现代性虚无化运动中人们虚弱的灵魂，以他的魔术去愉悦他们。
福柯在《性经验史》第一卷“认知的意志”中分析“性”的考古学就是首先分析性的形成的一种力量分布。尼采的《论道德的谱系》对福柯有决定性影响，尼采的道德的谱系的心理学分析让福柯摆脱了弗洛伊德－拉康的精神分析。福柯远离弗洛伊德主要还是由于尼采的道德的谱系，福柯与弗洛伊德的区别是精神谱系的分野，从弗洛伊德出发很难有正确的眼光看欧洲的整个的精神谱系，福柯理解的肉身观念在弗洛伊德思想中是没有的。福柯的肉身观念也不是一个十分难理解的观念，可以从蒙田那里了解福柯的肉身观念。理解福柯最后的肉身观念可从福柯的《主体解释学》中的快感的享用这样的一些观念开始，福柯的这些观念还是比较明确的，没有什么很神秘的元素，福柯对身体的认识主要来自法国文化精神对身体的一种理解，一种艺术化的理解。
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