1948年秋天，当人民解放军包围了北平时，解放区广播电台有专门关于胡适的一段播词，劝胡适不要跟着蒋介石集团逃跑，留在大陆会让他当北京大学校长兼北平图书馆馆长。胡适在北大校长办公室听了后既不激动，也不快乐，而只是平静地说了一声：“他们要我吗？”看来他是不想留下了。果然不出所料，胡适坐上蒋介石派来的专机离开了北平，旋即从上海乘克里夫总统号轮于1949年4月6日前往美国，开始了他流亡的寓公生涯。
1954年，中国内地掀起了一场声势浩大的批判俞平伯的《〈红楼梦〉研究》运动，后来转向批判俞平伯的老师胡适。胡适由学界泰斗一下变成声名狼藉的人物，批判者称他为“实用主义的鼓吹者”、“洋奴买办文人”、“马克思主义的敌人”。当时，由中国科学院和中国作家协会共同成立了专门批胡的机构即周扬所称的“讨胡委员会”。在郭沫若的领导下，出版了《胡适思想批判》八辑约200万字，另有别的出版社出的批胡著作有30本，总计有300万言之多。这些文章，在大陆没有一个人读完过，可胡适全部都看了，并在有些地方作了些富于谐趣的批注。他曾想对大陆的批胡运动作一总答复，后因他新月时代的好友叶公超的劝阻而未写。这场运动的发动者毛泽东早在1936年与斯诺会谈时，就谈到五四时胡适和陈独秀是他心中的“楷模”。就是50年代中期“讨胡战役”过后，毛泽东在怀仁堂宴请知识分子代表时也说：“胡适这个人也真顽固，我们托人带信给他，劝他回来，也不知他到底贪恋什么。批判嘛，总没有什么好话。说实话，新文化运动他是有功劳的，不能一笔抹杀，应当实事求是。到了21世纪，那时候替他恢复名誉吧。”
自由主义者由于长期游离于左右翼之间以及政治与学术之间，故常常陷于两难境界，以致“猪八戒照镜子———两边都不是人”：正当这边批胡高潮刚过去，那头又掀起了一股批胡恶浪。
事情是这样引发的：以胡适任发行人的刊物《自由中国》，以西方的自由民主精神为武器，对抗蒋介石的独裁统治。在1956年10月31日蒋介石做七十大寿时，《自由中国》出版了别具用心的“祝寿专号”，上有胡适写的《述艾森豪威尔总统的两个故事给蒋总统祝寿》，希望蒋介石不要大权独揽而应发扬民主，做个“无智、无能、无为”的守法遵宪的“三无领袖”。胡适的挚友、该刊主编雷震写的文章，则要求官方彻底改革“国防”与“经济”。
胡适这时尽管在海外，但他仍时刻关心着祖国大陆的思想文化状态。他在接受《台湾新生报》采访时，认为大陆在搞“百家争鸣”，开放思想自由。如果台湾再不“彻底实行言论自由”，那就不能“树立真正与共产党不同的模范省”。胡适还面劝蒋介石将国民党一分为二乃至一分为三，以便群众监督。胡适这些言论及《自由中国》所散布的彻底改革时政的主张，很快遭到国民党官方的迎头痛击。1956年12月蒋经国主持的“国防部总政治部”，以“周国光”名义发布绝密的第99号特种指示《向毒素思想总攻击！》的小册子，其中不点名批判胡适在“制造人民与政府对立，破坏团结，减损力量，执行分化政策……”，其“目的在散播和推广个人自由主义思想，好叫人们尊崇他为自由主义者的大师，由他领导来批评现实，批评时政，批评当政者，促进所谓政治进步，造成与自由民主的英美国家一样。这是他不了解中国当前革命环境，完全近乎一种天真的妄想”。从不正面点名和使用“不了解”及“天真的妄想”词句看，国民党对胡适的攻击是有限度的。鉴于胡适过去与蒋介石私交不错，胡适流亡海外后又像过去一样从政治上支持国民党，故这次批起来火力不足，且只搞了半年就匆匆收场，与大陆的批胡运动相比，无论在声势还是在力度方面，均有一定的差距。
对来自两边的隆隆“炮声”，胡适均处之泰然。从1925年起他就开始习惯被人骂，反而“成了一个不怕骂的人。有时见人骂我，反使我感觉我还保留了一点招骂的骨气在自己人格里，还不算老朽”。当“大鸣大放”时，北京曾派人向美国的胡适带话说：“我们尊重胡先生的人格，我们反对的不过是胡先生的思想。”胡适听后大笑说：“没有胡适的思想，就没有胡适。”
为振兴学术四处奔波
1958年4月10日，胡适在台湾正式就任“中央研究院”院长。本来，这时的胡适已过了退休年龄一年半，理应享受老人应有的权利，静下心来著书立说，做自己喜欢做的事情。但他为了公众的学术事业，还是舍弃了个人利益。
在简朴的就职典礼上，胡适还和前来祝贺的蒋介石产生了小小的摩擦。蒋介石在祝词中除希望“中央研究院”配合政府的“反共抗俄”使命外，还大加赞扬胡适“个人之高尚品德”。胡适听后不以为然，直陈道：“总统夸奖我的话是错误的。我被共产党清算，并不是清算个人的所谓道德。他们清算我，是我在大陆上，在中国青年的思想上、脑筋里留下许多‘毒素’。我们在年青的时候，受到了新学问、新文化、新思想、新思潮、新的思想方法的影响。”胡适敢于藐视最高统治者，一直坚持实话实说的原则，这体现了一个知识分子的独立人格。
对蒋介石要胡适把“中央研究院”办成“反共抗俄”的阵地一事，他也委婉地作出回应：“我个人认为，我们学术界和‘中央研究院’挑起‘反共复国’的任务，我们做的工作还是在学术上，我们要提倡学术。”胡适郑重声明：“我的话并不是反驳总统，总统对我个人颇有偏私，说的话我实在不敢当。我觉得我们的任务，还是应该走学术的路。”暗指不走蒋介石所指定的政治之路。胡适不愿意政治主宰学术，把众多院士捆绑在国民党的政治战车上，一再强调独立发展学术，建立独立的学术环境，表现了他作为最高学术机构一院之长的学术良心。
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