不妨推测，《利维坦》从论“自然”开始，是为了依凭 “自然”而非基督教的“上帝”来确立国家统治的正当性。整个第一部分看起来就像是在基于“自然”（physis）的“感觉”重新界定人性，重新描述人的世界（国家、文化、宗教）；在此基础上，第二部分重新界定政治生活的基本原理。
第三部分“论基督教的国家”以“论基督教政治的原理”起始，以“论被接纳进天国的必要条件”作结，共计12章。前一部分最后一章（31章）题为“论依据自然的上帝国”（Of the Kingdom of God by Nature），这“依据自然的上帝国”与第三部分最后一章的章题中的Kingdom of Heaven（天国）是什么关系？令人费解。前面已经讨论了政治生活的基本原理，这里怎么又来说“基督教政治的原理”？再说，第三部分虽然题为“论基督教的国家”，读起来却发现作者基本上是在谈《圣经》及其对《圣经》的信仰，从而让人觉得作者是在谈论基于圣经启示的人性和世界理解，与第一部分的内容对应。由此来看，批判罗马教会及其政治原则的第四部分“论黑暗的王国”倒像是与第二部分相对应。
回过头来细想，《利维坦》全书四个部分其实可以看作两个部分：自然原理及其引申出来的政治原理（第一和二部分）与《圣经》原理及其引申出来的政治原理（第三和四部分）处于对峙态势——说得更为简洁些：理性哲学与启示宗教处于对峙态势。
作者的本意是否真的意在彰显这种对立呢？
在第三部分一开头我就读到：
到目前为止，我仅是根据经验证明为正确的、或在语辞用法上公认为正确的自然原理引申出主权权利和臣民的义务，也就是说，我只是从经验告知我们的人类本性以及从一切政治推理中必不可缺而又取得普遍一致看法的语辞定义中引申了这种原理。但往下我所要谈的是基督教国家的性质和权利，其中有许多地方要取决于神的意志的超自然启示；……[1]（P290）
经验理性的哲学与超自然启示的宗教不是明显对立起来了吗？
一般的基督教思想简史都会说到：现代的《圣经》研究是从霍布斯和斯宾诺莎开始的——这指的是现代考据学式的《圣经》研究。的确，在《利维坦》的第三部分，霍布斯几乎是一上来（从33章开始）就着手全面质疑《圣经》的启示性权威，如何质疑？质疑《圣经》作者的身份：霍布斯说，好些《圣经》篇章中的言辞表达方式表明，其中记叙的事件只会是这些事件过去一段时间之后的后人追述（这让我想起咱们“五四时期”的“古史辨”运动的做法）。但这还仅是开了个头——从质疑摩西写了《摩西五书》的传统说法开始，霍布斯接下来（33～34章）马上开始系统考辨《旧约》各篇，证明《旧约》各章都是事后著成的，成书时间较其描述的事件所发生的时间要晚得多。到了第36章“上帝之言和先知的话语”时，霍布斯已经可以说，《圣经》并非全都是上帝的话，而是“写这部圣史的人的话”[1]（P331），从而上帝不可能是《圣经》“最初的和最原创性的作者”。
第一、二两个部分与第三、四两个部分——或者说理性哲学与启示宗教的对立，并非仅是单纯的对峙，而是内在的对质。在33章中，霍布斯说到了《约伯记》：约伯明显“不是假想的人物”，而是一个历史人物，但这本以他的名字命名的书却并非历史书，而是讨论恶人得福、好人受灾问题的哲理书，证据是《约伯记》具有一种文学形式——韵文为主体，配以散文形式的绪言和尾声，这种文学形式是典型的古代道德哲学的文学形式[1]（P300～301）。说到这里，霍布斯就没再往下说，转而谈论起《诗篇》来，让人觉得他半途扔下了《约伯记》这个话题。但倘若我们记性还不是太差，就会记起，在第二部分的最后一章（第31章）中，霍布斯讨论过恶人得福、好人受灾这一难题，还说这一难题“不但动摇了一般人对天意的信仰，也动摇了哲人以至圣者的这种信仰”[1]（P279～280）。通过《约伯记》中的恶人得福、好人受灾这一难题，理性哲学与启示宗教的对质不就内在地勾连起来了吗？
如何一个内在地勾连呢？
把这两章中谈及恶人得福、好人受灾这一难题的段落对起来读时就会看到，霍布斯想要说的是：对在世不幸这一问题，《圣经》没法提供令人信服的普遍解决，反倒是古代哲人可能会提供令人信服的解决。从而，通过《约伯记》来连接《利维坦》的两个部分，“利维坦”这一书名所要表达的象征含义，就已经在为现代“怪兽”（国家）提供支持了。
诸如此类的内在勾连在《利维坦》中可以说并不少见。比如，第三部分在质疑了《圣经》的启示性质后，接下来（34章）霍布斯就论到“《圣经》各卷中圣灵、天使和神感的含义”，而第一部分第 2章“论想像”与第三部分的这一章在结构上刚好对应——“论想像”说的是，做梦就是想像的一种形式，有时人们很难分清做梦与清醒时的想法，倘若把“论想像”一章与“论《圣经》各卷中圣灵、天使和神感的含义”一章对比起来看，便让人觉得，霍布斯是在说，《圣经》各卷中有关圣灵、天使和神感的说法，无异于做梦。这也等于是用自然理性回答了第一部分中不断重复出现的问题：为什么人会信奉宗教——顺着霍布斯的探究逻辑追索下去便不难看到，对上帝的敬畏被解释为对无形力量的恐惧：
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